性交疼痛的发生原因是复杂的：
(1)性无知或性经验缺乏。如：男性误把尿道当作阴道进行性交;性交前男性不作准备动作而将阴茎猛烈插入阴道等。
(2)性交疼痛与阴道痉挛同时存在,两者可互为因果。
(3)生殖器官的生理萎缩。如绝经后或切除双侧卵巢的妇女，由于雌激素的分泌不足，造成生殖器官的萎缩与干燥，这是造成性交疼痛的常见原因。
(4)生殖器官和周围器官的先天缺陷、发育不全或后天发生的器质性病变.如:先天性处女膜肥厚,处女膜伞、阴道狭窄;先天性卵巢发育不全或男性假两性畸形伴有的阴道短小、阴道纵膈或横膈、尿道下裂;阴蒂炎、阴蒂垢、前庭大腺囊肿、外阴切开术后的瘢痕、外阴炎、外阴溃疡或白塞氏综合症;外阴白色病变萎缩引起的阴道口窄、阴道内各种炎症、阴道囊肿和各种治疗引起的阴道狭窄;尿道炎、尿道肉阜、尿道憩室、尿道膨出;直肠肿瘤、肠炎、严重痔疮、直肠阴道瘘;子宫内膜炎、子宫后倾、子宫脱垂;卵巢囊肿与肿瘤、卵巢下垂、手术后卵巢固定后穹窿;子宫内膜异位症、附件炎、盆腔炎、手术后盆腔内软组织粘连等;均可以引起性交疼痛。
(5)心理原因。引起性交疼痛的心理原因见于：家庭对子女不正确的性教育，使婚后性交同焦虑、恐惧、有罪的情绪联系起来;未婚时遭受过暴力强奸，初婚时男性动作粗暴等，使以后性交同疼痛联系起来;夫妻间感情不和、担心性交怀孕居室不严密、疲劳等均会抑制女性的性兴奋或引不起性兴奋，从而导致阴道滑润不足而引起疼痛。