有些正常的男性虽然他们的睾丸发育正常,但他们的阴茎却比较短小,虽然也能够勃起和射精,但常常会造成性心理上的异常,甚至于怀疑自己的性能力,正常成人未勃时阴茎为5公分左右,勃起时约为11公分左右.在我国虽然还没有对这些短小阴茎者在男性中所占的比例进行过科学的统计,但从日常生活中所遇到的情况来看,这类病人的确还不算少。阴茎的大小受多种因素的影响,比如民族,遗传,个体发育等.但人满十八岁以后阴茎就不会在发育了,只能通过手术延长.如果有一些病态的话,可能会出现我们说的青春期发育迟滞.阴茎的分化、发育全靠体内的睾酮水平，如果母体妊娠第6－9个月期间，睾酮分泌不足，胎儿阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎短小，因此，下丘脑垂体发育慢，睾酮水平低是导致阴茎短小的主要原因。其次，后天失养，心肝肾之气未至，也可导致阴茎短小。阴茎短小的原因：国外的性医学专家的研究表明，男性的阴茎短小主要与下列因素有关：
一.遗传因素:阴茎与身体其它器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制与影响。
二.发育与营养状况:在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先生不足；缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良；
三、青少年发育期间，摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用；一般来说,成年男性体格健壮,身材高大,其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些，但是值得指出的是，阴茎的大小不会与身高成正比例，常可以见到一些身高不足1.60米的男性,其阴茎勃起时可以达到18厘米以上。
四.肥胖:一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
五.其它方面:如内分泌紊乱,男性激素水平不足,阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎回缩等，都可能造成阴茎短小。
1、患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足；高促性腺激素性腺机能低下症，病变在睾丸。该病患者的下丘脑与脑腺体功能正常，他们能正常分泌促性腺激素，但是睾丸有问题，不能接受促性腺激素的指令，因此不能正常生产睾丸酮(雄性激素)，出现阴茎不发育或发育不全等。
2、阴茎短小低促性腺激素性腺机能低下病则是下丘脑或脑腺体病变引起的，也就是睾丸功能虽然正常，但接受不到来自下丘脑或脑腺体促性腺激素的指令，照样不会分泌睾丸酮。以上两种病的共同特点是体内缺乏睾丸酮。很多资料表明，小阴茎患者体内睾丸酮水平远远低于正常人。所以临床上遇到阴茎短小、小睾九患者，必须进行辨证施治，以明确诊断，才可制定方案治疗。