一般来说，有的先天性畸形只影响生育力，如单纯性输精管缺如；而有的还可能影响到性功能。有些畸形看上去并不严重，如包茎，但处理不当同样能造成严重后果。总的来看，对生殖器官的种种先天畸形的处理是宜细不宜粗，宜早不宜迟，千万不可掉以轻心。
阴茎异常
可分为大小异常及位置异常。多与其他畸形同时出现。
阴囊异常
（1）阴茎完全缺失。多合并尿道畸形，治疗相当困难，过去施行阴茎成形术效果不好。最好切除睾丸，作尿道阴道成形术。（2）潜伏阴茎。因发育短小，而被会阴、阴囊、耻骨等处的脂肪所掩盖，随着发育过程中脂肪减少，阴茎才暴露出来。也可以通过整形手术把阴茎“解放“出来，就能恢复正常了。
（3）先天性阴茎扭转。阴茎扭转时，尿道口方向改变。少数人可有勃起时的隐痛等症状。本症还容易合并异常勃起。
（4）双阴茎。可平行排列或前后排列。
（5）阴茎过大或过小。罕见。过大时可作整形术截短。过小的病因复杂，需针对病因适当处理。
（6）包茎。可占男孩的25%以上，但成年人包茎明显少于青少年。可分为生理性包茎、假性包茎（包皮过长）、真性包茎和嵌顿包茎。
如果包皮与龟头粘连，或包皮有横向走行的血管，或包茎严重而从不翻起清洗的话，都可能限制龟头的发育，甚至出现包皮垢与尿中沉淀物、细菌等构成的硬疙瘩。
（7）尿道上裂和下裂。后者多见，前者少见，可影响勃起功能。
前列腺、精囊腺先天畸形
（1）前列腺发育不全多与其他性器官发育不全合并存在。前列腺囊肿可并发排尿困难。