男性不育常见病因有两种：生殖构造影响射精能力和精子本身存在问题，后者更常见。男性生育研究相对要晚于女性方面，但是，现代医学对男性生育的了解已日趋完善，尤其是精子的重要作用。
精子问题
精子是非常脆弱的细胞。它们耗时7周成熟，但在生长过程中极易受外界影响而发生变化。因此，不同时间提取的精子样本，其质量和数量区别会很大。
睾丸功能障碍 导致睾丸功能障碍的病因较难预料，可能是染色体问题(如克氏综合征，即患者体内有两条或多条X染色体，而不是一条染色体)，可能是睾丸先天悬吊、睾丸受到外创，甚或青春期腮腺炎而继发睾丸炎。
解剖学因素
射精
约有1%的男性在性高潮时无射精，病因是逆行射精(“干性射精”)，即精液被逆向射入膀胱，而不是向前进入阴茎。
阴襄
可能是睾丸鞘膜积液(具润滑作用的液体过量积累在睾丸内)或精索静脉曲张(阴囊和两侧睾丸静脉胀大)。这两种病因都会提升睾丸内温度，从而阻碍精子生产。
输精管堵塞
两条输精管(睾丸到精囊的通道；睾丸生产精子，精囊储存精子)中的一条或两条全部堵塞，精子难以或无法从睾丸中出来。输精管堵塞也许是先天的，也许受后天感染(比如淋病)。
睾丸功能障碍
无精或少精。睾丸功能障碍的临床表现极少属于无精。如果睾丸功能完全丧失，与卵巢功能完全丧失一样，都无药可救。尽管如此，此疾病往往只出现在一只睾丸内。
精子数量少 精子数量少和不孕不育没有绝对关系。许多精子数量少的男性也能生育孩子，只是受孕过程会久一点。精子畸形率高或活力不足的男性才是真正的不幸，病因可能属于激素、解剖学、免疫学或物理环境等方面。
免疫性不育
人体内都有抗精子抗体阻碍顺利受精，男性尤为困扰。因为男性的抗精子抗体在精液(触及精子表面)和血液中；女性的抗精子抗体在宫颈黏液和血液中，精子无论在哪里都会遇到抗精子抗体。
不孕不育临床治疗发现，抗精子抗体病因占5～10%，不过有2%的爸爸也曾受到抗精子抗体困扰。
抗体如何影响生育 最头疼的是，抗精子抗体接触精子表面改变精子移动方式、着床子宫壁能力和使卵子受精能力。抗精子抗体也会影响精子头部顶体释放，顶体内的顶体酶是刺穿卵子的关键物质。
治疗抗体性不育 抗精子抗体接触精子表面，会干扰体外受精(IVF)和其他辅助生育技术(ART)顺利进行；抗精子抗体也会抑制精子活动，甚而消灭精子。然而，抗精子抗体化验呈阳性并不等于该男性无法生育。专家建议，抗精子抗体治疗难度高、副作用大，只有在必要时作为实验性治疗尝试，所以，抗精子抗体测试应在所有检查完毕仍不明病因时才需进行。
男性不育诊查
遇到生育障碍的夫妻中，往往妻子会先去医院检查，可惜的是，她独自检查并没有太多实际意义。长时间受孕不顺利的夫妻，丈夫更应积极配合检查。生育能力检查基础部分就包括精液分析。
男性生育力
男性不育与性能力无关。丈夫的精子无力受精，但他本人可能是出色的爱侣；反过来，无法与妻子行爱的丈夫可能有发育完整且生殖力强的精子。
研究表明，男性精子数量在20世纪有所下降的诸多原因中，环境因素占最大比例，譬如食材中雌激素含量高、塑料制品化学物质渗入食物等。以往大家了解女性不孕多于男性不育，而现代生殖专科医院已能解决诸多男性生育问题和生殖疾病。治疗男性生育能力低或不育的效果已有显著提高，成功案例也随之增多。
精液分析
精液分析最先进行。精子数量受诸多因素影响——譬如性交频率——可能需要两次采样分析。初次分析结果显示有问题时，需复查确诊。
精液分析项目包括：精子数量、表现、活动率、体形。精子数量偏低，不足以影响男性生育力；但如果伴随精子畸形率高、活力低或兼而有之，甚或白血球含量高时，就会阻碍受孕发生。#p#分页标题#e#
精子含量低 可从精液分析中获取具体的病理表现：
无精症：精液中无精子。也许是受精管阻塞，影响精子传输；也许是无射精。
少精症：精子含量少于每毫升2000万。每毫升1000万～2000万，为轻度少精症；每毫升500万～1000万，为中度少精症；每毫升低于500万，为重度少精症。
弱精症：精子数量正常，但活力低，甚或无活力。
畸精症：畸形精子比率高。超过70%时为重度畸精症，可能因为某条染色体缺陷，也可能受环境影响。