对于包皮过长行包皮环切术的利弊学界一直都存在争议。
支持者认为
1.包皮过长引发尿路感染
5~8个月婴儿的尿路感染者，95﹪发生在未行包皮环切者;未行包皮切除者，4﹪发生尿路感染，而行包皮切除者，此数值仅为0.2﹪。另有资料表明，尿路感染的发生率未行包皮切除者高于包皮切除者11倍。
2.包皮过长与阴茎癌密切相关
美国的阴茎癌每年约有千例，病死率为25﹪~33﹪。在五万例阴茎癌患者中，死亡一万例，这其中仅4例做过包皮切除。
3.包皮过长与其性伴侣宫颈癌有关
有资料显示，穆斯林妇女的宫颈癌发病率较低。此外另有资料显示，一千余例宫颈癌患者其性伴侣未行包皮切除者人数是1岁以后即行包皮切除者4倍。
反对者认为
1.包皮过长与尿路感染
未行包皮切除的婴儿，尿路感染的发生率约为1﹪，切除100个包皮只为了预防一个尿路感染，似乎很不值得，而且，尿路感染是可以用抗生素治愈的。
2.包皮过长与阴茎癌
首先阴茎癌十分罕见，估计美国的发病率为十万分之一，如果包皮切除可以预防阴茎癌，那么对十万个正常婴儿进行包皮切除去预防一个平均发病年龄在60岁以上老年人的阴茎癌是不道德的。在医学的任何领域，都不会有这样的预防措施，这就好比为了预防龋齿而扒光所有的牙齿一样。
3.包皮过长与宫颈癌
近年研究已经明确，在宫颈癌细胞内几乎都能找到人类乳头状瘤病毒，因此人类乳头状瘤病毒被认为是宫颈癌发病的一个必要条件，而包皮过长只是一个表象而已。
临床医学范畴的包皮环切手术建议还应严格遵循其适应证去操作。