随着年龄的增长，青春期后性激素在体内激增，性器官和副性腺逐渐成熟，性欲便会慢慢积累，当积累到一定的程度，就会产生把这种欲望排泄出去的冲动。对于有性冲动而又不能进行性交的人来说，自慰就成了缓解性紧张的一种合理而常用的宣泄手段。
性病即性传播疾病(STD)，指由性接触、类似性行为及间接接触所感染的一组传染性疾病。它们不仅在性器官上发病，也可播散侵犯全身重要的组织、器官。常见的性病包括淋病、尖锐湿疣、非淋菌性尿道炎、梅毒、生殖器疱疹、艾滋病、软下疳、性病陛淋巴肉芽肿、腹股沟淋巴肉芽肿、生殖器念珠菌病、阴道毛滴虫病、细菌性阴道炎、阴虱病、疥疮、传染性软疣、乙型肝炎等。它们都有一个共性，都是由病原体感染引起的，也就是说，必须有特定的细菌、病毒、寄生虫等微生物的存在，才会引起易感个体的发病;而性病的传播，也就是这些病原体在不同个体之问的传播。
STD的传播必须有致病源、传播途径、易感者这三个条件才可以行成。不同的致病源引起特定的性病，如梅毒螺旋体引起梅毒，淋球菌引起淋病等。而一般人均为易感者。其传播途径主要是通过性交，占95%以上，因此，有不洁性行为、多个性伴侣的人是此病的最易感者。此外，间接接触，如使用被污染的物品(共用毛巾、共浴等)、液和血制品(输血)、吸毒(共用筒)、器官移植、母婴(通过胎盘、产道、乳汁)、医院内交叉感染等，亦可以传播某些性病。
从理论上讲，自慰主要的工具是自己的手或自慰器具，如果自身不带致病菌，手和器具之前也没有接触过STD病原体的话，即使有自慰行为(传播途径)和易感者，没有致病源也是不会感染STD的。因此，只要平时注意个人卫生，保持外阴清洁的话，不共用毛巾、衣物、碗筷甚至剃须刀、针筒等，外出注意选择卫生条件好的饭馆、旅店，对于采用一般手淫方式进行自慰的人，不会染上性病。
但也有例外情况，假如自慰前手部曾接触过带病原体的病人或物品而没能彻底清洁干净，或者是同性、异性之间通过接触对方生殖器的自慰方式，而其中一人是带病者的话，那么就会有机会传播并感染性病。而且，自慰同时会使体质耗损，也可造成对性器官的过分摩擦，常见包皮磨损，严重时可有皮下出血或合并感染，使全身和局部的抵抗力下降，对各种病原体包括STD的病源的抵抗力减弱，增加致病的危险。
虽然，自慰对身体和精神都不会产生损害是医学家和性学家公认的事实，但频繁而过度的自慰，对身体还是会造成一定影响的。例如在精神心理上会引起疲惫、困怠、无精打采的症状;对泌尿生殖系统，过分地摩擦性器官会使皮肤黏膜破损，严重的会导致皮下出血、包皮水肿甚至嵌顿而需急诊手术，或出现慢性盆腔充血、无菌性前列腺炎、精囊炎、膀胱炎，甚或日后的阳痿、早泄、不射精和高潮障碍等。