衣原体感染后能诱导产生型异性细胞和体液免疫。但保护性不强，为时短暂，因此衣原体的感染常表现为持续感染，反复感染或隐形感染。有些衣原体抗原注入人皮后内可造成免疫病理损伤。
衣原体感染中干扰素在动物模型中的作用，Pank等用沙眼衣原体鼠模型引起下生殖道感染，检测 I F N－γ所引起的保护作用。给鼠应用各种抗 I F N－γ单克隆抗体或用重组I F N－γ处理沙眼衣原体后再感染。结果显示，积极给予I F N－γ，有助于清除衣原体。
Zhong等用研究沙眼衣原体内源性 I F N－γ的局部防御作用，在衣原体感染时脾细胞分泌的 I F N－γ与肝组织中微生物的清除量相关联，把已免疫的动物的脾细胞移植到未免疫的鼠中，随后感染衣原体。结果可减少受体动物的感染。而用单克隆抗体处理的动物则引起严重的感染。这些资料表明，内源性 I F N－γ在清除沙眼衣原体L1型系统感染时有重要作用， I F N－γ在多部位显示活性。
生殖道组织的组织病理显示，用抗体处理过的动物，输卵管感染组织的炎症渗出显着减轻。这与用免疫组织化学方法检测到的对衣原体免疫的减弱相平行。从黏膜下到分泌物中的衣原体特异抗体，对生殖道衣原体感染有保护作用。
男性衣原体感染症状：性尿道炎
男性衣原体性尿道炎，又称为非淋菌性尿道炎（NGU）。是由衣原体感染引起的非急性化脓性尿道粘膜炎性病变。
本病潜伏期比淋病长，约1-3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象；分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。
沙眼衣原体感染易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体；累及睾丸可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗；累及前列腺时可出现后尿道、会阴及肛门部位钝痛或触痛，可有性功能障碍，直肠镜检可触及有压痛的前列腺。如前列腺明显肿大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等；本病还可以合并Reiter综合征，即关节炎，结膜炎，尿道炎三联症。
女性衣原体感染症状：
女性感染衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。
女性衣原体感染比男性感染引起的症状要多，其主要感染部位为宫颈，其后遗症多导致不孕症。