继发性闭经发生率较原发性闭经至少高10倍。其病因复杂，根据控制正常月经周期的4个主要环节，以下丘脑性闭经最常见，依次为垂体、卵巢及子宫性闭经，分别占继发性闭经的55%、20%、20%及5%。
(1)下丘脑性闭经：是最常见的一类闭经，以功能性原因为主。下丘脑弓状核含有传导神经内分泌的神经元，接受多处脑区的神经冲动，汇合成信号促使脉冲式释放GnRH在卵泡期为维持正常卵泡功能，约每90分钟有一次GnRH脉冲频率，若脉冲式分泌模式异常，包括频率、幅度及量的变化，将导致卵泡发育障碍而闭经。
1)紧张应激：精神创伤、环境变化等因素均可使机体处于紧张的应激状态，扰乱中枢神经与下丘脑之间的联系，从而影响下丘脑-垂体-卵巢轴而闭经。多见于年轻未婚妇女，从事紧张脑力劳动者。盼子心切或畏惧妊娠等强烈的精神因素也可干扰内分泌功能而发生假孕性闭经。闭经多为一时性，通常很快自行恢复，也有持续时间较长者。发病机理可能是由于应激状态时，下丘脑分泌的促肾上腺皮质激素释放因子(CRF)长期上升，而CRF浓度上升抑制了GnRH的脉冲式释放。另外，下丘脑分泌的内啡肽还可能介导CRF减少GnRH脉冲频率而闭经。
2)体重下降和营养缺乏：中枢神经对体重急剧下降极为敏感，而体重又与月经联系紧密，不论单纯性体重下降或真正的神经性厌食均可诱发闭经。单纯性体重下降系指体重减轻标准体重的15%-25%.神经性厌食通常由于内在情感的剧烈矛盾或为保持体型而强迫节食引起的下丘脑功能失调。特征性表现为精神性厌食、严重消瘦和闭经。GnRH浓度降至青春期前水平，以致促性腺激素和雌激素水平低下而发生闭经。
3)过剧运动：剧烈运动如长跑易致闭经，原因是多方面的。初潮发生和月经的维持有赖于一定比例(17%-20%)的机体脂肪，若运动员肌肉/脂肪比率增加或总体脂肪减少可使月经异常。另外，运动剧增后GnRH的释放受到抑制而引起闭经。
4)药物：除垂体腺瘤可引起闭经溢乳综合征外，长期应用某些药物如吩噻嗪衍生物(奋乃静、氯丙嗪)、利血平以及甾体类避孕药，偶尔也可出现闭经和异常乳汁分泌。其机理是通过下丘脑抑制催乳激素抑制因子(PIF)或多巴胺的释放，使催乳激素(PRL)升高而导致溢乳。而GnRH分泌不足或FSH、LH对GnRH反应迟钝，则引起闭经。此种药物性抑制常是可逆的，一般在停药后3-6个月月经自然恢复。