女性生殖器官容易受到外界致病因素的侵扰引起妇科感染有几种自然防御系统：
（1）女性外阴的大、小阴唇两侧相合，像两道门一样将阴道口、尿道口遮掩起来。
（2）女性骨盆底有许多肌肉组织。在这些盆底肌肉的作用下，使阴道口平时处于闭合状态，阴道前、后壁紧贴，从而抵御外界致病因素的侵入。但对经产妇而言，阴道壁比较松驰，这项功能会有所减弱。
（3）妇女卵巢分泌的雌激素能促使阴道上皮细胞增生变厚，对病原体的抵抗力增强。另外，阴道上皮细胞内含有丰富的糖原，而正常妇女的阴道中寄生着一种叫阴道乳酸杆菌的细菌，它能使这些糖原分解为单糖，再分解成乳酸，使阴道内环境呈酸性，pH值保持在4。2～5。那些宜于在碱性环境中生长的病原体因此会受到抑制，这就是阴道的自净作用。
（4）在卵巢分泌的性激素的作用下，子宫颈粘膜的腺体能分泌出碱性粘液，形成粘液栓，堵塞宫颈管，将子宫颈管与外界环境隔离开，减少了细菌侵入的可能。曾有报道：在宫颈粘液栓的下1/3可以查出细菌，而粘液栓的上2/3则没有细菌查出。这可以说明，宫颈粘液栓对防止细菌上行感染有重要作用。另外，宫颈内口平时也处于闭合状态，同样可以阻止病原体的入侵。
（5）随着卵巢分泌的性激素的周期性变化，育龄期妇女的子宫内膜也发生周期性的剥脱，产生月经。随着子宫内膜的剥脱和经血的排出，侵入宫腔的病原体也得到清除的机会。
（6）输卵管粘膜的上皮细胞有些分化成纤毛细胞，这些纤毛能够向子宫方向摆动，加之输卵管的蠕动作用，都会对侵入输卵管的致病菌起到清除作用。