膀胱炎 抗菌药治疗3天，或大剂量抗菌药1次（如采用羟氨苄青霉素3g或复方新诺明4片顿服）。
急性肾盂肾炎 选择有效抗菌药，用常规剂量作2周。给药后如症状于48～72小时内无明显好转者，或尿菌阳性者，应另选有效药物治疗。治疗结束后5～7天复查尿菌，如仍阳性，则换另一种有效抗菌药，治疗2周。然后再作尿菌复查。慢性肾盂肾炎 首先应寻找不利因素（如尿路结石、畸形、尿道颈梗阻、前列腺炎、尿道内炎症病灶、膀胱输尿管返流等），并设法纠正。根据药敏谱选择有效抗生素1～2种，单独或联合治疗2周，停药1周后复查。如尿菌仍阳性，则可另选有效药物治疗2周。如经3个疗程，症状虽减退，但尿菌仍阳性者，可改用抑菌疗法，选择有效的抗菌药，每晚睡前排空膀胱后服1个剂量抗菌药。
无明显发热腰痛等表现的尚未作定位的尿路感染 一般采用单剂大量1次疗法。如单剂量治疗不能控制，则多数为肾盂肾炎，可选择恰当的药物，给予2周的治疗。
尿道综合征 对尿菌检查阴性，但症状明显者可试用四环素或强力霉素。对症状不重者，则可对症治疗。
尿路感染的常用药物
对于首次发生的尿路感染应立即用抗生素进行短程治疗，一般用药7～14天为1个疗程。对于经常复发的尿路感染也应使用抗生素治疗，但应考虑用长疗程低剂量的方法进行治疗。选用抗生素应参照的标准：1.参考药敏试验结果选药，在尿细菌培养结果出来之前，可先试用复方新诺明、呋喃坦啶、氟哌酸或氨苄青霉素等；2.对较严重的尿路感染，可以选择两种抗生素联合用药；3.避免使用对肾脏有毒性作用的抗生素，如庆大霉素、卡那霉素、丁胺卡那霉素、妥布霉素、多粘菌素等。可治疗尿路感染的常用抗菌药物有：
青霉素类 主要有青霉素G和氨苄青霉素，前者为细菌繁殖期的杀菌剂，后者则是广谱抗生素。
头孢类抗生素 一种是头孢唑啉钠，该药对很多细菌都有效；另一种是头孢拉定，该药可作为伴有肾功能不全的尿路感染者的首选药物。
磺胺类药物
短效制剂：如磺胺异恶唑（SIZ），其抗菌作用很强，在尿液中的浓度比在血液中的浓度高数十倍，特别适合治疗尿路感染。
中效制剂：如磺胺甲基异恶唑（SMZ），其抗菌作用与磺胺异恶唑相似。该药若与抗菌增效剂（TMP）合用，疗效可增强数十倍。复方新诺明就是SMZ与TMP按5∶1的比例组成的，因此特别适合治疗尿路感染。
磺胺类药物在使用时应注意以下几点：1.在服药期间要多饮水，长期服用时，应加服等量的碳酸氢钠，以避免血尿和结晶尿的产生；2.妊娠后期的孕妇（最后3个月）和出生3个月以内的婴儿应禁用此类药物；3.有严重肾功能损害、严重肝病、白细胞下降、血小板减少者不宜使用此类药物。
喹诺酮类药物 主要有氟哌酸、氧氟沙星（氟嗪酸）、左氧氟沙星等。此类药物治疗尿路感染的效果极佳，但使用时应注意以下两点：1.凡有喹诺酮类药物过敏史者及孕妇、哺乳期妇女、小儿均应禁用此类药物；2.有严重肾功能不全者应慎用此类药物。
其他药物
呋喃坦啶：可用于治疗各种尿路感染，尤其是对肾盂肾炎疗效更好。使用此药时应注意以下几点：1.肾功能不全、少尿、无尿者应忌用此药；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏患者慎用；与萘啶酸不宜合用，因两者有拮抗作用；2.连续使用此药时间不宜超过两周；3.服用此药期间尿液呈深黄色属于正常现象。
磷霉素：用此药时应注意以心、肾功能不全者，高血压病者及孕妇应慎用此药；同时此药不宜与钙、镁等盐类合用。